Δεκατρείς σταθμοί είσπραξης διοδίων θα λειτουργήσουν στα 670 χιλιόμετρα της Εγνατίας Οδού. Οι 13 σταθμοί είσπραξης έχουν θεσμοθετηθεί με νόμο από το 2008, ενώ έχουν χρησιμοποιηθεί ως εγγύηση για τη σύναψη δανειακών συμβάσεων συνολικού ύψους 1,1 δισ. ευρώ με τραπεζικούς οργανισμούς, για τη χρηματοδότηση των έργων.
Η αρχή γίνεται από τον Πολύμυλο, κοντά στην Κοζάνη. Τα δίκυκλα θα πληρώνουν 2 ευρώ, τα Ι.Χ. και τα μικρά φορτηγά 2,80, τα φορτηγά και τα λεωφορεία 7, ενώ οι νταλίκες 10 ευρώ.
Τις επόμενες ημέρες έρχονται αυξήσεις στον σταθμό των Μαλγάρων, που σήμερα ανήκει στην εθνική οδό Αθηνών-Θεσσαλονίκης και πλέον θα περάσει στην αρμοδιότητα της Εγνατίας. Τα Ι.Χ. πληρώνουν 2 ευρώ και σύντομα θα δίνουν 2,80, ενώ ανάλογες αυξήσεις θα έρθουν και στις υπόλοιπες κατηγορίες οχημάτων.
Στον υπόλοιπο αυτοκινητόδρομο εκτιμάται ότι δεν συμφέρει η λειτουργία «παραδοσιακών» σταθμών διοδίων, αφού ειδικά στα τμήματα της Ηπείρου και της Θράκης η μέση κυκλοφορία είναι της τάξης των 10.000 οχημάτων την ημέρα, έναντι 70.000 στα όρια του Νομού Θεσσαλονίκης. Η πρόταση που επεξεργάζεται το υπουργείο Υποδομών προβλέπει την εγκατάσταση ηλεκτρονικών διοδίων, με δωρεάν χορήγηση συσκευών που θα είναι συμβατές με όλο το εθνικό οδικό δίκτυο και την Αττική οδό· δεν θα χρειάζονται σταθμοί, αλλά ένα μεταλλικό «Π», με συσκευές που θα φωτογραφίζουν το όχημα και θα χρεώνουν τον δηλωθέντα λογαριασμό ή την πιστωτική κάρτα. Για αυτούς που αρνούνται να πληρώσουν θα προβλέπονται διώξεις, με αυστηρότερη νομοθετική ρύθμιση που επεξεργάζεται το υπουργείο Υποδομών.
Ο διαγωνισμός βρίσκεται σε εξέλιξη, και στο τέλος Σεπτεμβρίου θα γίνει η πρώτη επιλογή, με προοπτική να λειτουργήσουν τα ηλεκτρονικά διόδια στα μέσα του 2012. Σε περίπτωση εμπλοκής στον διαγωνισμό ή εάν η Κομισιόν -που από χρόνια στέλνει έγγραφα- επιμείνει να λειτουργήσουν νωρίτερα τα διόδια σε όλη την Εγνατία, τότε θα προχωρήσει ένα ενδιάμεσο βήμα με τη «βινιέτα», ένα είδος προπληρωμένων διοδίων, καθορισμένου χρόνου, π.χ. μίας ημέρας. Θα υπάρχουν επίσης πακέτα διάρκειας μίας εβδομάδας, δεκαπέντε ημερών, μήνα ή και χρόνου, με πολύ χαμηλότερες τιμές.
Στον αυτοκινητόδρομο απομένει η κατασκευή ενός τμήματος στο Περιστέρι της Ηπείρου, όπου είχαν σημειωθεί κατολισθήσεις· αναμένεται να δοθεί στην κυκλοφορία στο τέλος του χρόνου.
Νέες, αυξημένες έως και 24%, τιμές διοδίων ισχύουν στην εθνική οδό Κορίνθου-Τρίπολης. Η αναπροσαρμογή, σύμφωνα με την κοινοπραξία, γίνεται μετά την πρόσφατη ολοκλήρωση του τμήματος Αθήναιο-Λεύκτρο, που παρακάμπτει τις στροφές της Μεγαλόπολης.